Surveillance génomique des agents pathogènes dans l’eau
Relever le défi
L’initiative Surveillance génomique des agents pathogènes dans l’eau (SuGAPE), lancée en avril 2023 et assortie d’un investissement de 10 millions de dollars de Génome Canada, aidera le Canada à défendre sa population, la faune et l’environnement contre les grandes menaces que représentent les agents pathogènes émergents (APE) et la résistance aux antimicrobiens (RAM), y compris les bactéries et les gènes résistants aux antibiotiques. Grâce à la surveillance génomique dans l’eau avant-gardiste et à la collaboration pancanadienne, la présente initiative stratégique préparera le Canada aux pandémies futures et à des problèmes sanitaires émergents, dans l’optique d’Une seule santé.
La surveillance génomique veut dire la surveillance constante des agents pathogènes et l’analyse, à l’aide du séquençage génomique, de leurs similitudes et différences génétiques. Elle comprend la surveillance dans l’eau qui utilise le séquençage génomique pour analyser les agents pathogènes dans les sources d’eau telles que les eaux usées, les usines de traitement des eaux usées, l’eau salée, l’eau douce et les eaux souterraines. Pendant la pandémie de COVID-19, par exemple, le séquençage génomique d’échantillons d’eaux usées non traitées s’est avéré une solution pratique et peu coûteuse de surveiller le virus.
L’Organisation mondiale de la santé (OMS) a déterminé qu’il fallait un accès concerté et inclusif à la surveillance génomique dans sa Stratégie mondiale de surveillance génomique. Les stratégies de surveillance génomique dans le monde évoluent de plus vers des approches davantage axées sur la collaboration, l’efficacité et le coût-efficacité, comme celles que permettent l’échantillonnage de l’eau et le séquençage génomique. L’OMS a également souligné la menace grandissante de la résistance aux antimicrobiens (RAM), engendrée par les antimicrobiens utilisés pour lutter contre les infections, dans son Plan d’action mondial pour combattre la résistance aux antimicrobiens. Le gouvernement du Canada a lancé un cadre d’action pancanadien, dirigé par l’Agence de la santé publique du Canada, pour appuyer et mettre en œuvre le plan mondial de l’OMS et a déployé un plan propre au Canada pour résoudre ce problème.
En réponse à ces grands défis, la toute dernière initiative de Génome Canada appuiera les interventions du Canada pour lutter contre les agents pathogènes émergents et résistants aux antimicrobiens par des investissements stratégiques dans la surveillance génomique dans l’eau. Cette initiative fera fond sur le Réseau canadien de génomique COVID-19 (RCanGéCO) dirigé par Génome Canda, et les efforts fédéraux en cours et utilisera, à cette fin, les données de la surveillance génomique appliquée pour orienter les décisions en matière de santé et de politiques publiques au Canada.
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1 of 1À venir
- Séance d’information sur le Centre C3 et webinaire de présentation
Jeudi 1er juin 2023 (12 h 30 – 13 h 30, HE)
Le défi
Les maladies infectieuses émergentes — qui se transmettent principalement des animaux aux humains, par exemple les virus Zika, d’Ebola, mpox (variole simienne) et COVID-19 — gagnent en prévalence et menacent de plus en plus la santé mondiale. La surveillance génomique hâtive des agents pathogènes à l’origine de ces maladies est essentielle à la préservation de la santé des collectivités, de la faune et de l’environnement.
L’expansion de la surveillance génomique de l’eau offre l’immense potentiel de transformer la préparation et l’intervention du Canada si d’autres agents pathogènes émergeaient.
La génomique est également un élément indispensable de la lutte contre la résistance aux antimicrobiens (RAM), qui survient lorsque des agents pathogènes évoluent en mécanismes qui réduisent l’efficacité des médicaments antimicrobiens utilisés pour traiter les infections. À l’échelle mondiale, la RAM est associée à 4,95 millions de décès humains par année et directement attribuée à 1,27 million d’autres décès au moins. Selon certaines estimations, la RAM pourrait causer encore plus de décès que le cancer d’ici 2050.
La surveillance des eaux usées laisse espérer la mise au point d’outils essentiels à l’atténuation de la RAM. Ces outils pourraient comprendre l’évaluation des gènes de résistance aux antibiotiques qui circulent dans les populations humaines et l’identification des points chauds de la résistance aux antimicrobiens, par exemple.
Même s’il existe un potentiel considérable de surveillance génomique de l’eau, le Canada a d’importants défis à relever pour l’exploiter. Pour réussir, nous devons éliminer les cloisonnements qui empêchent la coordination pancanadienne de la détection et des rapports sur les agents pathogènes. Il nous faut aussi uniformiser les normes, harmoniser et échanger les données produites par le séquençage génomique des échantillons d’eau.
La solution
L’initiative Surveillance génomique des agents pathogènes dans l’eau intensifiera la surveillance génomique des agents pathogènes émergents et résistants aux antimicrobiens dans l’eau et favorisera l’adoption de pratiques exemplaires pour les analyses de l’eau, l’échange des données et la collaboration pancanadienne visant à orienter la prise de décisions des pouvoirs publics. Elle créera également des structures de fonctionnement et des processus intégrés qui appuieront les efforts de surveillance génomique partout au pays.
Dans le cadre de l’initiative, les investissements se feront dans un portefeuille intégré de projets qui renforceront la capacité des régions et harmoniseront les efforts nationaux de lutte contre les APE et la RAM, soit :
- la coordination et la collaboration communautaires (Centre C3);
- la surveillance régionale des APE et de la RAM;
- la surveillance dirigée par les Autochtones dans les collectivités nordiques et éloignées.
Approche « Une seule santé »
Les APE et la RAM représentent une menace grandissante pour tous les secteurs de l’écosystème : les humains, les animaux et l’environnement. Surtout, les agents antimicrobiens ne sont pas qu’utilisés en santé humaine. On les retrouve aussi dans toute la chaîne alimentaire, y compris en agriculture et dans les pêches, pour améliorer les rendements des cultures et réduire les infections. Étant donné l’interconnexion de notre monde et les menaces pour les humains, les animaux et l’environnement, il est essentiel d’adopter l’optique d’« Une seule santé » en surveillance génomique pour résoudre ces problèmes. L’initiative rassemblera divers partenaires pour améliorer l’intégration et l’harmonisation de systèmes différents de surveillance génomique au Canada dans les différents domaines de recherche, ce qui fera progresser notre compréhension des liens entre les humains, les animaux, les végétaux et leurs milieux communs.
Les défis complexes exigent des solutions stratégiques d’intervenants engagés et d’horizons divers. La coordination des efforts d’un grand groupe d’intervenants de l’écosystème canadien de la génomique autour de ce grand défi commun aura des répercussions bénéfiques pour les collectivités de tout le pays.
Transformer les solutions de la génomique en retombées pour le Canada
Préparation d’avant-garde aux pandémies
Prise de décisions fondée sur les données probantes pour une meilleure santé des collectivités, de la faune et des écosystèmes
Accès équitable à la surveillance génomique partout au Canada
Programmes
L’initiative Surveillance génomique des agents pathogènes dans l’eau sera constituée de trois programmes.
Centre de coordination et de collaboration communautaires (Centre C3)
Environ 3 M$
Le Centre C3 jouera généralement un rôle de liaison et veillera à ce que les données de la surveillance génomique des agents pathogènes émergents et de la RAM servent à orienter les décisions en matière de politiques publiques. Cofinancement de 1 sur 1 obligatoire
Lancement le 26 avril 2023
Équipes régionales de surveillance des APE et de la RAM
Environ 6 M$
Six équipes régionales recevront du financement pour mettre en œuvre des programmes de surveillance des agents pathogènes émergents (APE) et de la résistance aux antimicrobiens (RAM) dans l’eau. Cofinancement de 1 sur 1, jusqu’à concurrence de 1 M$ par centre de génomique
Lancement à l’hiver 2024
Surveillance dirigée par les Autochtones dans les collectivités nordiques et éloignées
Environ 1 M$
Les projets de surveillance génomique dans les collectivités nordiques et éloignées, dirigés par des chercheurs et/ou des organisations de la collectivité, se dérouleront sur des terres autochtones ou intégreront des connaissances autochtones. Le cofinancement n’est pas obligatoire.
Date de lancement à déterminer
En chiffres
de Génome Canada, pour lancer l’initiative
de collaboration communautaires (Centre C3)
de surveillance des APE et de la RAM
dans les collectivités nordiques et éloignées
pour les équipes régionales de surveillance
et le Centre C3.
Personnes-ressources
Écrivez à Génome Canada : sugape@genomecanada.ca
Ou communiquez directement avec un centre de génomique régional. Les personnes-ressources des centres de génomique sont énumérées dans chaque possibilité de financement.