Gouvernance
Le Réseau canadien de génomique COVID-19 (RCanGéCO) est un consortium dirigé par Génome Canada et composé des autorités de santé publique fédérales, provinciales et régionales du Canada, de leurs partenaires en soins de santé, d’universités, de l’industrie, d’hôpitaux, d’instituts de recherche et de centres de séquençage à grande échelle.
Ce Réseau s’est formé pour effectuer le séquençage génomique à grande échelle et l’analyse des génomes du SARS-CoV-2 et des génomes hôtes au Canada pour comprendre et suivre la pandémie de COVID-19 et y réagir, tant à l’échelle nationale qu’internationale.
Génome Canada est reconnaissant au gouvernement du Canada de son soutien, car son financement appuie notre mission et constitue notre principal investissement dans nos projets de recherche. Le gouvernement du Canada a également investi 40 millions de dollars en avril 2020 spécifiquement pour le RCanGéCO.
Le tableau suivant illustre la solide structure de gouvernance actuellement en vigueur au RCanGéCO. Cliquez sur un comité pour en savoir plus à son sujet et en connaître les membres.
Génome Canada et les six centres régionaux
Génome Canada a la responsabilité ultime de la gérance du RCanGéCO et veille à ce que le Réseau atteigne ses objectifs et franchisse les étapes prévues. En collaboration avec les six centres de génomique régionaux, Génome Canada s’assure que le RCanGéCO respecte les modalités de l’entente conclue avec le gouvernement fédéral et fournit de l’information et des données qui permettent une évaluation constante des progrès, dont les données des indicateurs de rendement et les rapports financiers desquels dépendra le versement des fonds au RCanGéCo. Catalina Lopez-Correa, M.D., Ph. D., dirigeante scientifique en chef de Génome Canada, dirige l’initiative du RCanGéCO.
Comité directeur
Le Comité directeur du RCanGéCo veille à la gestion générale du Réseau et à la coordination des activités au sein des projets du séquençage du virus (VirusSeq) et du séquençage des hôtes (HostSeq) et entre ces derniers, de même qu’à l’harmonisation avec ces projets et d’autres initiatives externes.
- Lorne Hepworth, ex-président et PDG de CropLife Canada (président)
- Kenneth Baillie, consultant et chercheur universitaire principal (clinique), The University of Edinburgh
- Bettina Hamelin, présidente-directrice générale d’Ontario Genomics
- Rob Annan, président et chef de la direction, Génome Canada
- Ewan Harrison, Cambridge Infectious Diseases, Faculté de médecine, University of Cambridge
- Duncan MacCannell, CDC SPHERES, dirigeant scientifique principal, Office of Advanced Molecular Detection, Centers for Disease Control and Prevention
- Chris McMaster, directeur scientifique, Institut de génétique des IRSC
- Allison McGeer, consultante en maladies infectieuses, Hôpital Mount Sinaï, University of Toronto
- Eric Meslin, président-directeur général, Conseil des académies canadiennes
- Howard Njoo, sous-administrateur en chef de la santé publique, ASPC; professeur associé, École d’épidémiologie et de santé publique, Université d’Ottawa
- Joris Veltman, doyen, Institut des sciences biologiques, University of Newcastle
Comité de coordination
Le Comité de coordination du RCanGéCO travaille en concertation avec les deux comités de mise en œuvre pour coordonner la gestion et l’échange des données de génomique et des métadonnées. Il assurera aussi la liaison avec d’autres projets nationaux et internationaux en matière de données.
La composition du Comité directeur est souple et peut changer occasionnellement.
- Catalina Lopez-Correa, dirigeante scientifique en chef, Génome Canada (présidente)
- Naveed Aziz, directeur général, dirigeant scientifique en chef, CGEn
- Fiona Brinkman, professeure distinguée, Biologie moléculaire et biochimie; professeure agrégée, School of Computing Science et Faculty of Health Sciences, Simon Fraser University
- William Hsiao, professeur agrégé, Faculty of Health Sciences et Molecular Biology and Biochemistry, Simon Fraser University
- Yann Joly, directeur de la recherche au Centre de génomique et politiques; professeur agrégé, Département de génétique humaine de la Faculté de médecine avec nomination conjointe à l’Unité de bioéthique de l’Université McGill
- Steven Jones, professeur, codirecteur et chef de la Bio-informatique, Michael Smith Genome Sciences Centre, BC Cancer Agency; professeur de génétique médicale, The University of British Columbia; professeur, Biologie moléculaire et biochimie, Simon Fraser University
- Sandrine Moreira, responsable de la génomique et de la bio-informatique, Institut national de santé publique du Québec
- Samira Mubareka, médecin spécialiste des maladies infectieuses et virologue, Sunnybrook Health Sciences Centre & Research Institute
- Natalie Prystajecky, Programme de microbiologie environnementale du Laboratoire de santé publique du BCCDC; professeure, Département de pathologie et de médecine de laboratoire, The University of British Columbia
- Terrance Snutch, professeur, Michael Smiths Laboratories, The University of British Columbia
- Lisa Strug, chercheuse principale, Programme de génétique et de biologie du génome, SickKids; codirectrice, Centre for Applied Genomics; professeure agrégée de biostatistique, Dalla Lana School of Public Health, University of Toronto
- Gary Van Domselaar, scientifique en chef, Bio-informatique, Laboratoire national de microbiologie, Agence de la santé publique du Canada
- Ma’an Zawati, professeur adjoint; directeur exécutif, Centre de génomique et politiques, Université McGill
Comité de mise en œuvre du projet VirusSeq du RCanGéCO
Le Comité de mise en œuvre du projet VirusSeq du RCanGéCO assure la gestion générale du projet afin d’assurer sa mise en œuvre efficiente, efficace, éthique et équitable partout au pays et rend compte au Comité directeur par l’entremise de son président.
- Terrance Snutch, professeur, Michael Smiths Laboratories, The University of British Columbia (président)
- Fiona Brinkman, professeure distinguée, Biologie moléculaire et biochimie; professeure agrégée, School of Computing Science et Faculty of Health Sciences, Simon Fraser University
- Marceline Côté, professseure agrégée, Département de biochimie, de microbiologie et d’immunologie, Université d’Ottawa
- William Hsiao, professeur agrégé, Faculty of Health Sciences et Molecular Biology and Biochemistry, Simon Fraser University
- Yann Joly, directeur de la recherche au Centre de génomique et politiques; professeur agrégé, Département de génétique humaine de la Faculté de médecine avec nomination conjointe à l’Unité de bioéthique de l’Université McGill
- Sharmistha Mishra, chercheuse clinicienne, Li Ka Shing Knowledge Institute et Division of Infectious Disease, St. Michael’s Hospital
- Sandrine Moreira, responsable de la génomique et de la bio-informatique, Institut national de santé publique du Québec
- Samira Mubareka, médecin spécialiste des maladies infectieuses et virologue, Sunnybrook Health Sciences Centre & Research Institute
- Jared Simpson, professeur adjoint, Department of Computer Science, et chercheur, IORC, University of Toronto
- Megan Smallwood, gestionnaire de programme, Génome Canada
- Gary Van Domselaar, scientifique en chef, Bio-informatique, Laboratoire national de microbiologie, Agence de la santé publique du Canada
Comité de mise en œuvre du projet HostSeq du RCanGéCO
Le Comité de mise en œuvre du projet HostSeq du RCanGéCO assure la gestion générale du projet afin d’assurer sa mise en œuvre efficiente, efficace, éthique et équitable partout au pays et rend compte au Comité directeur par l’entremise de son président.
- Naveed Aziz, directeur général et dirigeant scientifique en chef, CGEn (président)
- Steven Jones, chef, Bio-informatique, BC Cancer Agency (président, Sous-comité du stockage et de l’échange des données)
- Bartha Knoppers, directrice, Centre de génomique et politiques, Faculté de médecine, Université McGill
- Mark Lathrop, chaire de recherche du Canada en génomique médicale, Université McGill
- Stephen Scherer, directeur, The Centre for Applied Genomics et McLaughlin Centre, The Hospital for Sick Children et University of Toronto
- Lisa Strug, chercheuse principale, Programme de génétique et de biologie du génome; Chaire de recherche du Canada (niveau 1) en sciences des données génomiques, The Hospital for Sick Children (présidente, Sous-comité de l’épidémiologie génétique)
- Stuart Turvey, chaire de recherche du Canada en médecine pédiatrique de précision, BC Children’s Hospital Institute (président, Sous-comité du recrutement pour les études)
Groupes de travail du projet VirusSeq
Groupe de travail sur le renforcement des capacités du RCanGéCO
Le projet VirusSeq du RCanGéCO doit, entre autres résultats stipulés, mener au renforcement de la capacité nationale qui permettra de faire face à la deuxième vague attendue de COVID-19 et aux pandémies futures. Cette obligation vise les 13 laboratoires provinciaux et territoriaux de santé publique du Canada. On reconnaît également que certains sites de séquençage situés en milieu hospitalier auront besoin d’une petite part du renforcement des capacités pour affronter la deuxième vague prévue de COVID-19.
- Gary Van Domselaar (président)
- Matthew Croxen
- Natalie Knox
- Celine Nadon
- Jennifer Tanner
Groupe de travail sur l’analyse des métadonnées
Les données du séquençage génomique et les métadonnées qui les accompagnent, produites dans le cadre du projet, serviront à la surveillance génomique et à l’intervention contre la COVID-19, tant pour l’instance nationale que les instances provinciales et territoriales en santé. Ces activités comprennent les analyses des séquences aux fins d’évaluation/de contrôle de la qualité, le suivi de la transmission internationale et interprovinciale, la détermination de la lignée cellulaire, le dépistage de grappes de cas et la surveillance des variantes qui peuvent influencer la gravité ou la transmissibilité de la maladie. Pour appuyer ces activités, le Laboratoire national de microbiologie de l’Agence canadienne de la santé publique coordonnera le stockage, la gestion, l’analyse et l’échange de données de séquences génomiques de haute qualité et des métadonnées connexes, conjointement avec les laboratoires provinciaux de santé publique et les partenaires en soins de santé.
- Gary Van Domselaar (président)
- Fiona Brinkman (coprésidente)
- Zohaib Anwar
- Robert Beiko
- Matieu Bourgey
- Guillaume Bourque
- Ahmed Draia
- Jun Duan
- Marc Fiume
- Dan Fornika
- Eric Fournier
- Erin Gill
- Paul Gordon
- Emma Griffiths
- Jose Hector Galvez Lopez
- Darian Hole
- Will Hsiao
- Jeffrey Joy
- Kimia Kamelian
- Natalie Knox
- Philip Mabon
- Finlay Maguire
- Tom Matthews
- Andrew McArthur
- Samir Mechai
- Sandrine Moreira
- Art Poon
- Amos Raphenya
- Claire Sevenhuysen
- Jared Simpson
- Jennifer Tanner
- Lauren Tindale
- John Tyson
- Geoff Winsor
- Nolan Woods
Groupe de travail sur l’éthique et la gouvernance
Le projet Virus-Seq du RCanGéCo se concentre sur les pratiques rapides, transparentes et équitables d’échange des données, conformément à la réglementation et aux normes canadiennes en matière de respect de la vie privée et d’éthique. Nous envisageons trois objectifs pour l’échange des données : 1) l’échange public des données pour permettre une intervention mondiale contre la pandémie; 2) l’échange des données dans l’ensemble du système de santé canadien pour assurer une surveillance nationale; et 3) l’échange de données avec des chercheurs autorisés afin de promouvoir la recherche-développement scientifique et médicale. Le modèle de gouvernance qui s’appliquera aux données échangées sous chaque objectif sera soigneusement élaboré pour faire l’équilibre entre la protection de la vie privée et les progrès scientifiques.
- Yann Joly (président)
- Fiona Brinkman
- Erin Gill
- Will Hsiao
- Hanshi Liu
- Sharmistha Mishra
- Sandrine Moreira
- Gary Van Domselaar
Groupe de travail sur les métadonnées
Pour maximiser l’impact et l’utilité des données de séquençage, il faut les associer aux données épidémiologiques et cliniques, à celles des laboratoires et à d’autres données contextuelles (« métadonnées »). Pour mieux harmoniser le système de santé publique canadien multijuridictionnel et les efforts nationaux et mondiaux, c’est-à-dire intégrer les métadonnées dans un format uniforme et utilisable dans une enquête sur les éclosions de COVID-19 et les activités d’intervention, le projet VirusSeq aura également pour fonction indispensable de spécifier et de conserver les métadonnées, tout en coordonnant les activités avec le projet HostSeq.
- William Hsiao (président)
- David Alexander
- Zohaib Anwar
- Nathalie Bastien
- Tim Booth
- Guillaume Bourque
- Fiona Brinkman
- Hughes Charest
- Caroline Colijn
- Matthew Croxen
- Guillaume Desnoyers
- Rejean Dion
- Damion Dooley
- Ana Duggan
- Leah Dupasquier
- Kerry Dust
- Nahuel Fittipaldi
- Eleni Galanis
- Emma Garlock
- Greg German
- Erin Gill
- Gurinder Gopal
- Tom Graefenhan
- Morag Graham
- Emma Griffiths
- Linda Hoang
- Naveed Janjua
- Jeffrey Joy
- Kimia Kamelian
- Lev Kearney
- Natalie Knox
- Theodore Kuschak
- Jason LeBlanc
- Yan Li
- Anna Majer
- Adel Malek
- Dionne Marcino
- Ryan McDonald
- David Moore
- Celine Nadon
- Samir Patel
- Natalie Prystajecky
- Anoosha Sehar
- Claire Sevenhuysen
- Garrett Sorensen
- Laura Steven
- Lori Strudwick
- Marsha Taylor
- Shane Thiessen
- Gary Van Domselaar
- Adrian Zetner
Groupe de travail sur les collaborations de recherche
Pour tirer profit des outils d’avant-garde et de la mise au point des analyses dans ce domaine de recherche en évolution rapide, il est indispensable de travailler en concertation avec la grande communauté des chercheurs. La sensibilisation de chercheurs de divers horizons visera à inclure tous les pays, à refléter des projets nationaux et/ou locaux, à engager différents secteurs (recherche universitaire, recherche industrielle, etc.) et à conclure des partenariats internationaux. Des collaborations de recherche sont envisagées dans des domaines comme les méthodes de séquençage, l’analyse des données, la modélisation, la bio-informatique, l’harmonisation des données, l’échange des données, l’éthique et autres domaines pertinents qui correspondent aux buts du projet VirusSeq.
- Fiona Brinkman (présidente)
- Zohaib Anwar
- Marceline Côté
- Marc Fiume
- Laura Gilbert
- Erin Gill
- Paul Gordon
- Yann Joly
- Sandrine Moreira
- Samira Mubareka
- Natalie Prystajecky
- Jennifer Tanner
- Gary Van Domselaar
- Phot Zahariadis
Groupe de travail sur le séquençage
Le projet VirusSeq du RCanGéCO a pour but important d’utiliser le séquençage pangénomique du virus pour orienter les décisions de santé publique en renseignant les autorités sur la propagation et l’évolution du virus SARS-CoV-2. Pour simplifier la production, les analyses et l’échange des données, le projet VirusSeq se concentre sur l’optimisation des laboratoires expérimentaux et des protocoles et l’élaboration de méthodologies. Ces protocoles et ces méthodes nous aideront à atteindre l’objectif de séquençage de quelque 100 000 génomes viraux.
- Ioannis Ragoussis (président)
- Terrance Snutch (coprésident)
- Patryk Aftanas
- Matthew Croxen
- Hooman Derakhshani
- Nahuel Fittipaldi
- Morag Graham
- Andrew McArthur
- Sandrine Moreira
- Samira Mubareka
- Natalie Prystajecky
- Ioannis Ragoussis
- Jared Simpson
- Michael Surette
- John Tyson
Sous-comités du projet HostSeq
Sous-comité du recrutement pour les études du projet HostSeq
Le Sous-comité du recrutement pour les études veillera à ce que les échantillons utilisés dans le projet HostSeq proviennent d’un large réseau de chercheurs/cliniciens du Canada dont les travaux portent sur divers aspects de la COVID-19. Tous les efforts sont mis en œuvre pour garantir la représentation des groupes sous-représentés et des minorités, notamment, mais sans s’y limiter, les populations autochtones et éloignées.
- Stuart Turvey, BC Children’s Hospital Research Institute (président)
- Laura Arbour, The University of British Columbia
- Naveed Aziz, CGEn
- Francois Bernier, University of Calgary
- Catherine Biggs, The University of British Columbia
- Peter Kannu, University of Alberta
- David Kelvin, Dalhousie University
- Brent Richard, Université McGill
Sous-comité du stockage et de l’échange des données du projet HostSeq
Le Sous-comité du stockage et de l’échange des données élabore un plan complet de stockage et d’échange des données de séquençage du projet HostSeq, de même que des données phénotypiques connexes par le biais d’une banque de données de CGEn accessible aux chercheurs de tout le Canada et liée à d’autres ensembles de données pertinents d’ailleurs dans le monde. Le Sous-comité contribuera à la création d’une infrastructure qui facilitera le stockage, l’échange et la gestion de gros volumes de données de séquençage des génomes et de métadonnées connexes.
- Steven Jones, Michael Smith Genome Sciences Centre, BC Cancer Agency; The University of British Columbia; Simon Fraser University (président)
- Inanc Birol, The University of British Columbia
- Guillaume Bourque, Université McGill
- Lisa Strug, Hospital for Sick Children, Toronto
- Joe Whitney, Hospital for Sick Children
Sous-comité de l’épidémiologie génétique – Données du projet HostSeq
Le Sous-comité de l’épidémiologie génétique guidera les mises à jour des données à mesure que les chercheurs en apprendront plus sur la maladie et qu’ils mettront au jour de nouveaux facteurs de confusion et nous aidera à coupler les données. Les membres de ce groupe ont beaucoup contribué à définir le formulaire d’exposé de cas du projet HostSeq.
- Lisa Strug, SickKids; University of Toronto (présidente)
- Jennifer Brooks, Institut canadien des sciences statistiques
- Shelley Bull, Institut canadien des sciences statistiques, Ontario
- Lloyd Elliott, Simon Fraser University
- France Gagnon, Dalla Lana School of Public Health
- Celia Greenwood, Université McGill
- Rayjean Hung, Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute
- Jerry Lawless, University of Waterloo
- Andrew Paterson, Hospital for Sick Children
- Lei Sun, University of Toronto
Le financement du RCanGéCO est versé par l’entremise du ministère de l’Innovation, des Sciences et du Développement économique (ISDE) du gouvernement du Canada.
